بنای این مدرسه در کوی شرقی گناباد در مجاورت مسجد جامع این شهر واقع است. این مدرسه از یادگارهای معماری اسلامی در دوره صفویه و نشان دهنده ارج و مقام علم و دانش در این شهر است که به دلیل تدریس علوم نجوم و افلاک در این مکان به مدرسه نجومیه مشهور شده است.
مدرسه نجوميه در مقابل مسجد جامع گناباد در كوي شرقي از بناهاي دوره صفویه است كه بعدها در زمان قاجار مرمت شده است. نجوميه يكي از مدارس متعدد گناباد بوده كه تربيت و آموزش دانشمندان و فرهيختگان گناباد را بعهده داشته است.
در اين دوران گناباديها در علم نجوم گوي سبقت را از ديگران ربوده بودند. «شاردن» سياح فرانسوي در سفرنامه معروفش نوشته است: «همه منجمين ايران، دست كم بزرگان آنان از ايالت خراسان، از بلده كوچك گناباد و از يك خانواده مشهور كه منجمين بزرگي از آن برخاسته اند بودند… دانشمندان معروف فلكي ايران طي ششصد هفتصد سال اخير همگي از سرزمين خراسان بوده اند و شاهنشاه ايران جز اختر شماراني كه در گناباد زاده شده و پرورش يافته باشند كس ديگر را به خدمت نمي پذيرد» (شاردن، ژان ـ سياحت نامه شاردن 127 تا 126)
ملامظفر منجم و فرزندان او «محمدتقي» و «ميرزاشفيع» و فرزند «محمدتقي منجم» به نام محمدرضا و فرزند او «محمدعلي»، مظفرثاني همگي از منجمين برجسته دوران صفويه بوده و مورد توجه خاص پادشاهان بوده اند.