آخرين و عميق ترين چاه در هر رشته قنات را مادرچاه ميگويند كه در پايان رشته و آخرين قسمت تره كار احداث مي شود. در قنات هاي پر آب و عميقي مثل قنات قصبه كه معمولا در بخش هاي انتهايي آن ها با مشكل تراوش آب از جداره ها روبرو هستيم. نخستين چاهي كه در يك قنات حفر مي شود گمانه نام دارد و براي آگاهي مقني از ميزان آبدهي قنات و ظرفيت سفره آب زيرزميني به كار مي رود. عمق گمانه در نقاط مختلف نسبت به عمق سفره آب زيرزميني متفاوت است. معمولا اين عمق در دشت ها و بيابان ها مانند گناباد زياد مي باشد. گمانه در صورتي كه در عمق پيش بيني شده توسط مقني به سفره آب زيرزميني رسيد مادرچاه قنات محسوب مي شود و در غير اينصورت مقني همچنان به حفر ادامه مي دهد تا هنگامي كه يكي از آن ها داراي شرايط مطلوب بوده و به عنوان مادرچاه انتخاب شده و كار پايان يابد. يكي از ويژگي هاي خاص قنات قصبه گناباد در عميق ترين مادرچاه آن است. در منابع مختلف عمق مادرچاه اين قنات را متفاوت ذكر كرده اند:
ناصر خسرو(700گز)، هانري گوبلو(300متر)، سعدالله ولايتي(274 متر)، حسين پور ابراهيم(300-320 متر)، سيدحسن مجتبوي(300-280متر)، مديريت كشاورزي شهرستان گناباد(340متر) و فرهنگ جغرافيايي ايران(500-450 متر). اما واقعيت اين است كه در دهه هاي اخير با عنايت به نقشه برداري هاي انجام شده عمق آخرين ميله چاهي كه قابل شناسايي بوده است 255 متر مشخص گرديده است. بديهي است با عنايت به سيلاب ها در طول اين سالها موقعيت آخرين چاه قطعي قنات بر روي سطح زمين قابل شناسايي نمي باشد و عمق مادرچاه قطعا بيشتر از اين خواهد بود.